MALDI質(zhì)譜分析作為一種對生物組織切片的目標(biāo)生物分子直接分析方法近年來已受到關(guān)注（諸如小分子代謝物、脂質(zhì)、肽、蛋白）。它被期望應(yīng)用于搜索位于疾病部位的生物標(biāo)記物。一般來說，將冰凍切片作為待分析的組織切片。通過MALDI方法，前處理裝置（比如CHIP-1000）可以統(tǒng)一地將基質(zhì)溶液打印在組織切片上。在添加過基質(zhì)以后，MALDI-TOF質(zhì)譜分析組織切片并檢測目標(biāo)生物分子的m/z。在疾病的生物標(biāo)志物研究中，對比損傷部位和正常部位的質(zhì)譜峰變化來搜尋特征質(zhì)譜峰作為生物標(biāo)志物。

這里有一個例子，用MALDI-TOF直接檢測用藥后肝組織切片的磷脂變化，肝組織切片來自用過四氯化碳導(dǎo)致肝受損的小鼠。

對5周大的ICR小鼠腹腔注射給藥四氯化碳(1.0 mL/kg)。 分別在15分鐘和48小時(shí)后解剖，并將肝組織用蘇木素伊紅染色。（在給藥48小時(shí)后的肝組織中央靜脈附近確認(rèn)有壞死及細(xì)胞浸潤）

相應(yīng)的冰凍切片通過前處理裝置用CHCA基質(zhì)處理，然后用MALDI-TOF直接分析。